五代时期

会昌灭法后，少林寺声誉日减，僧众离散，几乎没有兴建什么工程，碑铭极少，塔仅存一座，有关文物古迹的文献资料亦甚少。唐僖宗广明元年（880年），法华行钧（848至925年）被请为少林寺住持。他是一位天台宗大师，早年依止于会善寺法素禅师，改研《法华经》，在本寺琉璃坛受大戒。他在少林寺召募化缘，葺修大殿，首尾三载，缔构悉成。而遇释门澄汰，遂从毁废。後值口开佛法，重励身心，复立殿堂，兼塑佛事。（五代虚受《大唐嵩山少林寺故寺主法华钧大德塔铭并序》）这一时期唯一存留下来的建筑是建于五代后唐同光四年（926年）的法华禅师塔（五代之塔在河南省仅存两座，另一座在武陟县妙乐寺），该塔是由博士侯建镌字，造塔博士郝温所造，尤当珍惜。

宋、金时期

将曹洞宗风带入嵩洛的是义青的两大弟子道楷（10431118年）和报恩（10581111年）。道楷弟子中有青江担任过少林寺住持。报恩禅师大约在1093年前在少林寺弘扬曹洞宗风，终使少林寺革律为禅。

宋、金时期的少林寺，仍保持了一定的规模。据宋崇宁四年（1105年）的一方界铭石刻可知，当时寺院还拥有较广大的土地与山林，基本上是以自然山岭为寺界，刻石为记。宋、金时期，少林寺内修建了大雄宝殿，寺外建造了初祖庵大殿及面壁之塔等建筑，还建造了5座宋塔、17座金塔。其工艺均富于时代特征，艺术价值较高。有的塔座束腰所刻化生、天马、羊等图案生动活泼，多与宋《营造法式》之图案一致，并可作为其补充。宋代的大书法家黄庭坚、蔡卞等还为初祖庵题写了碑铭。初祖庵的宋代大殿及其石刻艺术，是少林寺建筑艺术精华之所在。自金大定元年（1161年）先后有临济宗的法海（11321178年），悟鉴、普照、兴崇、教亨（11501219年）及宏相（11611224年）为少林寺住持。教亨是一代高僧，历主大刹。晚年至少林寺，主张三教合一。从法海到宏相，临济宗在少林寺传法五十余年。在寺院碑刻中，遗有不少宋金以下石刻，表现出自唐末开端的释、道、儒三教合一的思想。例如金代所刻的《三教圣像》碑，就以赞文与图形相结合的形式，生动形象地表现了三教合流的思想。该碑上方刻有唐肃宗李亨的《三教圣像赞》一文，内容是阐述三教本是一脉相承的：吾儒之师，曰鲁仲尼。仲尼师聃龙，吾不知聃师竺乾，善入无为。稽首正觉，吾师师师。该碑上所刻僧人画家祖昭绘的三尊立像，中立释迦牟尼，两侧为老子与孔子。这种三教合流思想，在明代嘉靖四十四年（1565年)刻的《混元三教九流图赞》碑中仍有图文表现，并且进一步提出了佛教见性，道教保命，儒教明伦，纲常是正。百家一理，万法一门的观点。

金末蒙初，曹洞宗大师万松行秀（11661264年）弟子东林志隆、木庵性英等相继住持少林寺。志隆在少林寺建了一所便民免费的药局，取世所必用，疗疾之功博者百余方以为药，使病者自择焉。他还派懂中医的二僧主持药局事务，时在1220年。木庵性英大约在1225年至1233年间担任少林寺住持。他是一位诗僧，人们称颂他书如东晋名流，诗有晚唐风骨。