少林寺更名不久，北周王朝即被杨坚的隋朝所取代。杨坚自幼在佛寺长大，信崇佛教，于开皇年中（581600年）下诏将柏谷屯一百顷田赐给少林寺。随着寺院庄园的迅速发展，少林寺成了隋朝末年农民起义军攻击的目标。大业末年，天下大乱。在隋末战乱中，少林寺第次遭受大的兵火之灾，整个寺院被毁，仅有跋陀时建造的一塔独存。

在隋末唐初的战乱时期，少林寺僧众为了保护寺院利益，审视社会上的斗争形势，毅然站在李唐政权一边，在唐初的统一战争中起到了积极的作用，并因此受到了唐王朝的嘉奖和支持。唐武德二年（619年），王世充在洛称帝，号郑国，派其侄王仁则扼守柏谷庄，改为轘州。武德四年四月二十七日，少林寺上座善护、寺主志操、都维那惠玚等十三位僧人，在城内轘州司马赵孝宰等配合下，活捉王世充之侄王仁则，并将王仁则献于唐营，夺取了轘州城。武德四年（621年）四月三十日，秦王李世民派李安远持秦王教书，往少林寺宣慰。《寺碑》碑文也记载了少林寺因功受奖的情况，太宗文皇帝，龙跃太原，军次广武，大开幕府，躬践戎行。僧志操、惠玚、昙宗等，审灵眷之所往，辩妪歌之有属，率众以拒伪师，抗表以明大顺，执充侄仁则以归本朝。太宗嘉其义烈，频降玺书宣慰，既奉优教，兼承宠锡，赐地四十顷，水碾一具，即柏谷庄是也。唐王朝对作战立功众僧也予以加封，如上座僧善护、寺主僧志操，都维那僧惠玚、大将军僧昙宗，同立功僧普惠、明嵩、灵宪、普胜、智守、道广、智兴、僧满、僧丰，计13人（唐武德四年《太宗文皇帝敕授少林寺柏谷庄立功僧》）。此即后世盛传的十三棍僧救唐王故事的原型人物。唐朝初年，因少林十三僧的战功，少林寺得以复立，土地得以归还；同时还获赐大量田产，这些都为少林寺的发展奠定了良好的经济基础。

唐朝初年，少林寺进行了大规模的恢复重建。依地势高低分为上方（西台）、下方，共有十二院。上方风景最佳，分布着翻经堂、舍利塔、跋陀灵塔、普光佛堂等建筑。

唐初少林寺以律学著称，有明遵、慈云、元素、智勤律师，虚求一义，洞真谛之源。明遵是相部宗法砺之弟子。著名的三藏法师玄奘（600664年），家乡在少林寺西北约十二公里偃师县府店滑城村。他于贞观十九年二月六日（645年），显庆二年九月廿日（657年）两次上表，请求入少林寺译经，修禅观，并以此送终，均不获允准。唐高宗、武则天对少林寺深表关注，于咸亨（670673年）中，乘与戾止，御飞白书，题金宇《般若碑》，留幡象及施物；永淳中（682683年），御札又飞白书一飞字，题寺壁。（《寺碑》）永淳二年（683年）九月二十五日，武则天从高宗幸巡少林寺，曾御制诗书一首，此碑记述了武则天伴驾出游的隆重仪仗、隋末大火之后的寺院情景以及她当时的心境思绪等。

武周长安四年四月七日（704年），三藏法师义净（635713年）在少林寺设立戒坛，依《根本说一切有部律》为标相而设。中国律仪，一向依昙无德部《四分律》为准。义净则移植了有部律仪。少林寺三纲即寺主义奖、上座智宝、都维那大举、法济等禅师及都城洛阳的大德高僧们都参加了结坛仪式。这可能是一个琉璃戒坛。唐中宗景龙年间（707-709年），曾敕授少林寺常置十大德高僧，不许缺额，也不许从别寺聘请，足见唐王朝给予少林寺的荣誉和恩宠。

唐玄宗于开元十一年（723年），敕命一行禅师将太宗教书及玄宗御书交少林寺寺主慧觉领取，后刻于裴漼所撰碑上，太宗文皇帝御书七字碑额系玄宗御书。世民二字，系太宗在武德四年所书。

唐朝后期，少林寺再遭劫难。由于社会矛盾的加剧，至唐武宗会昌五年（845年），又开始了中国佛教史上第三次灭法活动，史称会昌灭法。少林寺西塔院宋塔石铭就记载有这次灭法的有关情况：经会昌之朝，例遭魔灭。会昌之后，少林寺已元气大伤，虽屡有修复，却失去了盛唐时之宏大气派。

北周末年，中原多乱，局势多变，佛教中新、旧禅派斗争激烈。北齐天宝二年（551年），慧可向僧璨传法之后，自去邺都随宜说法。圆寂后，唐德宗赐号大祖禅师(宋道原《景德传灯录》卷三)。僧璨遵师命隐修舒州(安徽舒城县一带)。隋开皇十年（590年），朝廷曾迎他进京，敕住开善寺。但僧璨辞而未从，传授衣法于四祖道信之后，即去罗浮山，继续传化于四众。僧璨终于隋炀帝大业二年（606年）十月十五日。唐玄宗赐号监智禅师。

四祖道信，姓司马氏，世居河内(今河南省沁阳市)，后徙居蕲州(今湖北蕲春南)广济县。据《景德传灯录》载，师生而超异，幼慕空宗诸解脱门。隋大业十三年（617年)领徒众住吉州，遇隋末吉州城被围之乱。至唐高祖武德七年（624年）重返蕲春，住黄梅西北之破头山（亦称双峰山），从学者云集而至。他认为心净即佛土、心即佛，主张不要到西方求更多的佛法，自己净心修炼即可。他改变了过去不立文字的传统传法方法，开始著书立说。在修炼方面，他一改过去到处游化的头陀行苦修做法，真正开启定居寺院进行传化的方法。道信传法三十余年后，传衣钵于弘忍，是为五祖。道信圆寂于唐高宗永徽二年（651年），唐代宗赐号大医禅师。

五祖弘忍十一位大弟子中，就有慧安（俗称老安，582709年），法如（638689年）驻锡过少林寺。

法如禅师（637689年），俗姓王，上党(长治)人，与慧能、神秀并称禅门六祖。从现存少林寺村东口法如禅师塔中保存完好的唐代《法如禅师行状》碑可知，法如约从唐显庆年间（656661年）至咸亨五年（674年）八月前，一直从学于弘忍大师门下，侍奉弘忍大师长达十六年之久，直到弘忍圆寂后，才开始自己的游化生涯。法如先到淮南，后到嵩山少林寺。初到少林寺的三年中，法如仍默默劳作于大众之中，不言其身份。至垂拱二年（686年），四海标领，僧众集于少林寺，众僧人见其为人言寡而不俗，推他再振玄纲，开释禅法。他应允众望，讲法深渊，影响很大。寺碑称：复有大师法如，为定门之首，传灯妙理。弟子惠超，妙思奇拔，远契玄踪，文翰焕然，宗涂易晓。《法如禅师行状》碑称菩提达摩入魏传可，可传粲，信传忍，忍传如该碑立于武则天永昌元年（689年），当时神秀、慧能都在世，未见其提出异议，可知这一传承表较符合史实。法如是在少林寺传法讲经的第一个达摩禅传人，法如弟子中较著名者有李元圭（644716年）及新罗僧惠超。至唐中宗神龙三年（707年），五祖弘忍的又一位高足道安（即老安)回到少林寺，不久于景龙三年（709年）圆寂并葬于会善寺。此二高僧大德回归少林寺，其意义是十分重大的。

玄宗以降，少林寺著名禅僧有元圭的弟子灵运（？729年），普寂的弟子同光（700770年）、昙真（703763年）、法玩（715790年）以及同光的弟子真坚（728784年）等人。