元朝时期

蒙古族统治者为加强其思想统治，提倡多种宗教。少林寺的地位随之明显提高，被称为祖庭、大少林寺等。明代大书法家董其昌在所撰《道公碑铭》中说：若夫震旦（中国）之少林，其西竺（西印度）之灵山乎！故海内之名蓝净刹，曰律寺，曰讲寺，曰禅寺，而少林得称祖庭；其高僧尊宿，曰律师，曰法师，曰禅师，而少林得称宗师。元明之际，一些大德高僧不仅在宗教界享有威望，而且也是政坛要人，被授予很高的封位。如元代少林高僧裕公和尚，度化千人，名声极大，佛界称其为大宗师；忽必烈即帝位后，加封其为光宗正法之号；后被封为大司空开府仪同三司之显位；圆寂后被追封为晋国公。著名书法家赵孟頫还为他写了《光宗正法大禅师裕公之碑》。裕公住持少林寺时，确立了少林寺宗法制度，他制定了七十字的传法辈份：福慧智子觉，了本圆可悟。周洪普广宗，道庆同玄祖。清净真如海，湛寂淳贞素。德行永延恒，妙本常坚固。心朗照幽深，性明鉴崇祚。衷正善禧禅，谨悫原济度。雪庭为导师，引汝归铉路。他对元初兵火之灾后的寺院进行了大规模的整修和重建，为少林寺的中兴做出了巨大贡献。至元八年（1271年）春，世祖下诏天下的佛家弟子集于京师，其中三分之一的僧人是裕公禅师的嗣法者。

元初在寺内重建的大型建筑主要有转轮藏阁（后改作鼓楼），今此阁内巨型雕花柱础、局部雕花前檐柱以及刻有元代纪年的后檐柱等，仍保存在复建的高阁之中；其阁四重飞檐，十字脊顶，用巨大斗拱，十分壮观。另外，元代也创建了一些新的殿堂，但由于不少建筑已为明、清各代重修，面目皆非原制。元代的名僧，除裕公（福裕）外，还有足庵禅师、灵隐禅师、中林禅师、息庵禅师、凤林禅师等。

元代少林寺下院二十三所，少林寺僧达二千人之多，在历史上是空前的。众多弟子出任各地的僧官。元末红巾军四起，天下大乱，少林寺僧大多逃难，会食者二十余钵，只剩老弱残者二十多人。

明朝时期

明代初年，少林寺僧对遭受元末战火破坏的寺院进行了大规模的整修，如千佛阁、立雪亭、六祖殿、紧那罗殿、法堂、钟楼等。另外，明代还修建了众多佛塔。在塔林中，明塔多达140余座，居历代之冠。在明代，少林寺内以曹洞宗实力最强，占有主导地位，所存明碑多称曹洞正宗，所以董其昌称少林之于曹洞，亦犹鲁之秉周礼也。其时，朝廷直接过问教事，并建立了管理僧伽的专门机构。少林寺住持僧，也多受皇帝敕封。如明正德八年（1513年）《月舟禅师道行碑》称：皇明混一，天下设僧司，以总其教。这一方面说明明王朝试图把神权纳入政权的管理之中，另一方面也说明皇家承认少林寺的禅宗祖庭地位。明代高僧有子定禅师、松庭禅师、月舟禅师、小山禅师、无言道公等。

明洪武初年（1368年）子定复至少林寺。一年后僧众渐渐回寺，已达五百多人。接替子定任少林寺住持的是松庭（13211391年），他住持少林寺十三年，后被朝廷任命为河南府僧纲司都纲（从九品）。

俱空契斌（13821452年），是一个很有学问的高僧，景泰春（1450年），少林寺建大毗卢佛水陆堂，请甘州（今甘肃张掖）喇嘛道源塑毗卢佛一堂，此为与藏传佛教交流之始。无方可从（14201483年）、拙庵性成（14401501年）、归源可顺（14441499年）、古梅祖庭（14611510年）、月舟文载（14541522年）、静庵悟榻（15041552年）、宗林玉堂（约14811538年）等先后住持少林寺。这一时期的少林寺居于平稳发展时期。小山宗书于1558年至1565年住持少林寺，继承曹洞宗，兼开示净土法门。其弟子众多，传法于广东、福建、云南。无言正道于1592年至1609年住持少林寺，但他原属于临济宗，故在少林寺南院另立圆通行超明五字辈，至玄字辈起，才并入福裕七十字派，这就是少林寺明传曹洞，暗传临济的来历。

明代的少林僧兵，声震四方。多次被朝廷征调，镇守山陕，统征云南，抗击倭寇，取得了崇高的声誉。明末以后，登封县农民李际遇起义，占据少室山御寨，1641年，李自成义军攻占登封县城，少林寺遭到破坏。康熙二十三年（1684年），河南官员张思明在少林寺看到的情况是久经劫火，法堂草长，宗徒雨散矣，偶步千佛殿西，见榛莽荒秽中，散瓦数椽，风雨不蔽。

元、明时期，留学少林寺的日本僧人与中日文化交流及友谊

元、明之际，均有日本国僧人来少林寺修炼佛学，并担任少林寺僧职，与中国僧人结下深厚情谊，至今传为佳话。

日僧邵元（12951364年），法号古源，曾任日本国山阴道但州正法禅寺住持。他于三十三岁时，即日本嘉历二年（1327年）乘商船来中国，在中国留学二十一年，久居少林，被中国僧人尊称为古源上人。他曾参谒过许多古寺和名僧，至迟在元代至元二年（1336年）时已来到少林寺，并任执事僧，这年十月铸造的一口铁钟铭文中记载他在少林寺的僧职为书记。邵元到少林寺不久，就担任当山首座（地位仅次于住持和尚），协助息庵共同负责寺内事务。其间应少林僧子珍邀请，用汉文为法照和尚撰写并书丹《显教圆通大禅师照公和尚塔铭并叙》，其铭曰：

富赡常住，以公为怀。为众竭力，不吝己财。

能事已毕，掩息如灰。温起沤灭，花落花开。

宗匠逝矣，哀哉痛哉。

1973年4月17日，郭沫若先生看到了发表的此铭拓本后，作七绝一首：

邵元撰写照公塔，仿佛唐僧留印年。

花落花开沤起灭，何缘哀痛著陈言。

郭老于诗后写道：昨见息庵禅师碑，乃邵元所撰，法然所书。今见少林寺照公和尚塔铭，乃邵元撰并书。首座日僧，仿佛三藏法师（指玄奘）游学于印度时也。枢起妪灭，花落花开，颇有禅味，特惜陈言未能去看，哀痛犹芥于怀耳。（予博《郭沫若同志为中国出土文物展览和河南省画像石、碑刻拓片展览的题辞》，《文物》1973年第6期）这是对邵元所撰铭文的高度评价。

1341年，少林寺住持和尚息庵禅师圆寂后，已离开少林寺的邵元应少林寺僧的邀请，撰写了《河南府路登封县嵩山祖庭大少林禅寺第十五代住持息庵禅师行实之碑》。邵元曾和息庵禅师合力建寺，朝夕相处，共理寺务，他带着真挚之情，把息庵禅师之德行与成就和曹洞宗的高僧义青、福裕相提并论，对其住持少林寺期间的功绩，亦极口称赞，铭日：惟息庵师，耀古腾今。师道师德，万世不衰。1973年4月11日，郭沫若先生看了该碑拓本后，对其予以很高评价，指出：如此佳话，愿广为流传，以为中日两国相互学习之样板。并题诗曰：

息庵碑是邵元文，求法来唐不让仁。

愿作典型千万代，相师相学倍相亲。

无独有偶，少林寺还有一通明碑出自元末明初留学少林寺的扶桑沙门德始之手，他用汉文书写了由蒲庵来复撰文的《淳拙禅师道行之碑》。此碑是一份极为珍贵的中日友好的实物例证。