藏经阁又名法堂，位于大雄宝殿之后的中轴线上，为高僧讲经说法和贮存佛经典籍之所。现存《中华大藏经》《龙藏》《大正藏》《高丽藏》及其他典籍计数万册。据碑铭记载，此阁创建于元代至正（1341—1368年）年间。

殿内原供达摩面壁石、法器及包括明代大藏经在内的5000余卷佛经图籍等。1928年，该殿被石友三焚烧，殿内经卷、武术书籍、达摩影石等俱被毁，仅存殿基及墙体石柱14根。现藏经阁是依据毁前资料，于1992至1993年间在原址上重新设计建造的。该殿内神龛上现供1997年缅甸居士所赠送的重16.5吨、长7米的巨型白玉卧佛一尊。

该阁面板5间（19.16米），进深4间（14.32米），通高16.207米，为单檐歇山式建筑。顶覆绿色琉璃瓦，正脊用正吻与楼阁形脊刹。阁檐之下，用五踩重昂斗拱，明间正、背平身科斗拱各用两攒，次间、梢间以及山面各间平身科斗拱均用一攒。殿内现存有历史上保存下来的清康熙三年（1664年）的部分木刻版藏经。阁内还置有大型经库(书架)，并放满了经书。殿外悬赵朴初所书竖匾“藏经阁”。