少林禅医药，至少要追溯到建寺之初。由于少林寺的皇家寺院地位，拥有良田百顷，殿宇上百间，众僧整天参禅静坐，修身养性，驱除杂念，消除思乱，镇静魂魄，安定心神。但长期静坐不动，影响了禅师周身血液循环，造成筋络不畅，久瘀成疾。不仅影响了身体，还难以对付山林中的猛兽威胁和盗贼侵犯。于是，禅师们在学禅的同时开始习武，并充分利用嵩山丰富的药材资源，吸收民间医疗方法，不断积累用药经验，逐步形成了许多秘方。

禅师们在练武的同时，发现许多功法具有健身和医疗的双重作用，又逐步推演出了气功疗法、推拿疗法和点穴疗法。少林医学由外科而内科，由治疗跌打损伤而治疗百病，形成了独具特色的少林禅医药文化。据《少林武僧志》记载，僧稠禅师曾经取嵩参熬汤为跋陀补养身体。跋陀的另一位徒弟慧光，也曾用铁针为一昏迷病人疗伤。

特别是西天佛祖第二十八代法脉传人——达摩祖师至嵩山少林寺后，传授面壁默照禅法，确定禅宗祖庭地位并兼授佛教“五明”。历代高僧在精修禅法的同时，而学“医方明”更受重视，禅宗二祖慧可断臂求法后在钵盂峰上养伤，寺僧们采来草药为他治疗。代代相传，生生不息，有言传，有秘传。

历史上，少林寺涌现了大批知名僧医。北魏后期的少林高僧洪遵和志刚被尊为活菩萨，分别撰有《少林寺针灸秘抄》和《少林医僧宝囊》。隋代，少林僧人子升善武好医，尤其对气功和点穴治疗的内容，特别详细地介绍了人体常用的六十八穴的部位、取法、疗法及配方，开列了一百多种常见病的点穴治疗指要。十三棍僧救唐王中的寺主僧志操也是一位著名的僧医，入寺前习医十年，治疗跌打损伤，总是先用针灸，少数不愈者，再采用嵩山上的草药制成的丸、丹、膏等治疗，并著有《少室僧针灸秘经集》等。

唐朝末年的福湖和尚医技高明，善用针灸和草药，扎针不过二，用药不过三，特别对止血、内瘀、厥症、危症等的治疗有独绝之处，撰有《少林伤科十大方》。宋代的洪温禅师擅长骨伤科，多以针刺加火罐解除患者痛苦，撰有《针后拔罐秘法》，临终前将技艺给觉远和尚。觉远和尚对内科深有研究，有《少林寺内科神效录》传世。元代的惠定被尊为少林神医，著有《少林骨科旨要》、《少林医家丸散药谱》，惠炬在《针刺九十神穴》中总结了元以前僧医大师的经验，是针灸用穴的临床精华。明代著名的僧医有本明、幻休、正道等，清代随着武术的衰落，医技有所下降，较为著名的有湛举、寂勤、贞俊等。

公元1217年，东林志隆出任少林寺住持，创建了少林药局，以少林医方服务本寺僧众及百姓，享有盛誉，被称为“佛门医宗”。

与此同时，少林医学秘方不断传到寺外，惠及大众。清朝时，登封人景冬旸曾拜少林僧人为师，学习医学知识，后因治好皇后的病而声名远扬。他晚年编著了医术《嵩崖尊生》，至今仍为中医的圭臬。

少林禅医药，是在印度医药学文化和中国医药学文化的基础上经过一千多年实践融合后形成的医药学流派。它在继承发扬中华传统医学理论的基础上，突出以“禅定”为基础法门，以默照冥想、呼吸、导引、气血、经络、脏象等学说为基本理论，运用“观想”“气化”“导引”“点摩”等基本手段进行诊断、治疗、调养。其中还结合食疗及诸物百草疗法配合运用。中国禅宗祖师一直善于运用禅修般若来治疗人们的身心疾病，而少林历代高僧则在运用思维修、吸纳中外各医药家长处的基础上，总结、完善了禅医药治病的原理和法门。

禅医对经穴的认识，具有独具特色的学术说法。禅医讲：经穴的流注，是在具有生命的前提下随时空万象的变化而变化，它存在着性能质量的变化及位置的流动性。禅医所言取穴准确是指功效位置的准确，并非是图文坐标尺寸的准确。禅医在针灸按摩手法上讲究气意神合，刚柔相济，在施术过程中要求医者“痛则思痛”，与病者之间建立心相通、意相解的菩萨境界。这里所言对病者的理解，并非是单纯的医德问题，而是内含妙不可言的医术问题。禅医中的推拿按摩，并非是单纯的运动肌肉筋骨，而是强调手下的心境。如：

一指禅、二指禅及掌禅、拳禅等摩穴手法的运用，手到病除，韵味浓厚，感受深远。《八段锦》、《禅拳》、《锦掌》等禅功导引功夫疗法，《易筋经》、《洗髓经》返璞归真，深解人体的构造本质，激活生命的源泉。《少林食疗》药食同源，辨五谷蔬果，五味归经，五气养神，通五脏六腑，杜绝病从口入，平衡食疗饮法。闭关节食，整体排毒，调节方便的整体格式化疗法；禅修默照功法，直指人心，寻无明烦恼、病因病源，明心见性，更是禅医疗法的最大特色。