少林禅医肇始于魏晋南北朝时代，唐宋时期逐步成势，金元时期开始形成学派，并鼎盛于明朝。传统佛教经典云：“菩萨学处，当在五明学处。”此五明即为：因明、声明、医方明、工巧明、内明等五明。而其中的“医方明”则是医学、药学、心理学、生理学等学问，既有物药、又有法药。除了讲究医术之外，更重视医德，以救度众生。少林禅医基于“医方明”的理念与智慧，运用丰富的药材资源，吸收千年少林文化传承的医疗方法，不断积累用药经验，逐步形成了许多秘方。寺僧们在练武的同时，发现许多功法基于经络学的原理而具有健身和医疗的双重作用，又逐步推演出了内功疗法、推拿疗法和点穴疗法等。

少林药局最初治疗各种疾病的秘方有一百余方，经历代医僧实践、搜集整理，至民国时各种论医著述达百万言，药方上千首。在少林药局的漫长历史中，禅医药曾施惠于无数百姓，但兵火之祸及人文之厄等诸多因素使药局事务屡有断续，到上世纪初甚至一度中断。时隔近800年后，少林寺方丈释永信决定重整少林药局，认为“少林寺应走一条与时俱进的济世医药之路，造福亿万众生”。2004年少林寺开始恢复少林药局建制，2006年创设少林药局门诊，2008年少林药局开始筹备“少林药局医院”，2009年设立“登封少林药局禅医功夫学院”。

为了让少林禅医的秘方服务人类，为治病救人作出更大贡献，少林药局重力投入了秘方的整理工作，汇集精选出多种少林医药秘方，并在古代医方的基础上陆续研发了一些特色配方及成药传到寺外，惠及大众。从1998年起，少林寺就对所珍藏的健身之法，以及历代高僧珍藏秘传的验方进行系统整理。少林药局历史上共流传下1700个药方，现已整理出1500个，汇集精选出250药方帖。

2011年5月28日，少林寺方丈永信大和尚倡导并在少林寺组织举办“首届中国佛医高峰论坛”，还设置了两年一届的论坛常务委员会，将论坛会址常设少林寺，每两年举办一次，围绕重大佛医议题展开讨论与交流。使少林禅医走上了学术性的高端平台，并产生了国际影响，来自国内外的医药界专家学者汇聚少林寺寻宗求源，探索创新与发展。