少林药局始建于金元时代(约公元1217年),距今近八百年。元代著名的历史学家元好问在其《少林药局记》中云:“少林之有药局,自东林隆始。”隆,即是指当时的少林主持志隆禅师。其后,福裕大和尚在主持少林寺期间,倡导“主伤科兼修内科、儿科,医众僧兼俗疾,方为普度众生”的僧医方针,使少林医药学获得了长足的发展。明代,少林寺则建立起比较健全的医疗机构和完备的医事制度,设立医座(僧医的最高官职),药局司(专门管理草药的采植以及药剂的制作)等,同时还开设寺医学堂,培养专科僧医。清末民初,战事频繁,少林药局一度暂停。当代盛世,在释永信方丈的领导下,少林寺于2004年初重新恢复了少林药局的建制,并经国家卫生行政主管部门审批,成立了少林药局。目前,少林药局在继承发扬中华传统医学理论的基础上,突出以“禅定”为基础法门,以默照冥想、呼吸、导引、气血、经络、脏象等学说为基本理论,运用“观想”、“气化”、“导引”、“点摩”等基本手段进行诊断、治疗、调养。少林药局现有少林活血丹、少林活络膏、少林木瓜葛根丸等药品。